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自建国后，苏加诺一直实施独裁统治，借由平衡军方反对势力及印度尼西亚共产党维持其权力。1965年9月30日印度尼西亚发生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亚军方高层意图推翻苏加诺政权，后事情败露被处决，军事强人苏哈托镇压叛军后掌握大权，此后苏哈托组织部队进行fangong清洗和推翻苏加诺，印度尼西亚共产党策动政变而受重创，包含华人和印尼共产党员在内约有50万人受害。1967年2月，苏加诺被解除总统头衔，苏哈托出任代理总统。1968年，军队司令苏哈托正式出任总统一职。
　　
　　苏哈托的“新秩序”获得美国政府支持，促进对印度尼西亚的外商直接投资，成为之后30年印度尼西亚经济实质成长的重要因素，然而独裁倾向的“新秩序”被指责用以贪污及压制反对势力。
　　
　　1997年，印尼于亚洲金融风暴经济遭受重创，引发大规模对“新秩序”政策的不满，并引发大规模排华动乱，苏哈托被迫于1998年5月下台，结束32年执政，政治意识形态也重新洗牌。
　　
　　1999年，东帝汶举行公投决定独立，也结束了25年来印度尼西亚备受国际谴责的军事占领。苏哈托下台后，民主化进一步巩固，包括地区自治，并于2004年进行首次总统直选。政治及经济上不稳定、社会动荡、贪污延滞了民主化进程，但于近年来经济情况有所好转。虽然在不同宗教及种族间尚称和谐，但仍有各教派间的不满及暴力事件发生。与亚齐分离主义的冲突也于2005年告一段落。
　　
　　2014年3月，印尼总统苏西洛签署2014年第12号总统决定书，正式废除1967年第6号通告，把“支那”(cina)改称“中华”。1967年第6号通告是印尼前总统苏哈托时代的产物，包含对中国与华人的国格和人格的歧视与侮辱。当地华人表示，40多年来对中国和华人的歧视称呼将一去不复返了，这是印尼民主政治进步的体现。